In 1783 begon de Rotterdamse orgelmaker Andries Wolfferts aan de bouw van een orgel. Hij maakte daarbij gebruik van pijpwerk uit het orgel uit 1723 dat Matthijs Verhofstadt gebouwd had. Deze had eveneens weer pijpwerk van een voorganger geleend, zodat er tot op de dag van vandaag een bourdon 8′ van mr. Peter Jansz de Swart uit het einde van de zestiende eeuw op het hoofdwerk te vinden is. Het orgel had sterke kanten, zoals de prachtige kas, maar er waren ook problemen. Het orgel was wellicht te weinig krachtig voor de grote kerk en de toen nog grote menigte kerkgangers.

A.F.G. Heijneman was een orgelbouwer afkomstig uit Duitsland maar gevestigd in Nijmegen. Hij had in 1787 het orgel in de St. Janskathedraal van Den Bosch vernieuwd. In Zaltbommel wist men zo van zijn werk en men vroeg hem in 1796, nog maar een ruime tien jaar na de bouw van het instrument, om een forse uitbreiding. Zo zijn een groot deel van de kenmerkende tongwerken van de hand van Heijneman.

Bijna alle oude orgels in Nederland werden in de negentiende eeuw ingrijpend veranderd. In Zaltbommel was dit maar zeer beperkt het geval. C.F.A. Naber voegde de viola di gamba toe en op een zeker moment is de gelijkzwevende stemming aangebracht. De wijzigingen in 1905 waren vermoedelijk ingrijpender. Zo kreeg de kas een donkereiken kleur. Nadat het orgel in 1944 door burgers in allerijl gedemonteerd was omdat men bang was dat de bezetter de toren op wilde blazen, werd het orgel provisorisch gerestaureerd door orgelmaker De Koff, waarbij de toonhoogte verhoogd werd.

Na de algehele restauratie van de kerk werd ook het orgel onder handen genomen. Orgelmaker S.F. Blank nam voor de restauratie de situatie uit 1796 als uitgangspunt, maar behield ook veel van Nabers werk, zoals de viola da gamba. De toen aangebrachte Werckmeister III-stemming is later gewijzigd in Neidhardt I.

Hieronder kunt u een klankimpressie van het orgel opdoen (opname Pieter de Ruijter).